Le Centre comprend un comité de direction, un comité exécutif, un comité scientifique et l'assemblée des membres.

Le comité de direction a pour mandat d'assurer le bon fonctionnement et le rayonnement de NeuroQAM, ainsi que d'élaborer la programmation scientifique du centre. Le comité de direction est composé de la directrice ou le directeur du Centre, des directrices ou directeurs adjoint.es (volet fondamental et volet clinique) et du coordonnateur-trice.

Le comité exécutif épaule le comité de direction pour les décisions importantes (l’attribution des bourses, répartition des budgets, etc.), l’évaluation périodique des membres réguliers et associés, la présélection des nominations des membres réguliers et associés, et la préparation des demandes de subvention d’infrastructure. Le comité exécutif est composé des membres du comité de direction, des responsables d’axe (élus parmi les membres réguliers) et du représentant-e étudiant-e (élu parmi les membres étudiants).

Le comité scientifique a pour mandat d’aider à l’élaboration, la planification et la mise en œuvre de la programmation scientifique, ainsi que de promouvoir et de faire rayonner les activités de recherche, de formation et de diffusion des savoirs du Centre. Il est un lieu d’échange d’informations, de coordination et d’opérationnalisation de la programmation scientifique du Centre avec ses partenaires. En plus d'inclure l'ensemble des membres du comité exécutif, le comité scientifique est composé des représentants.es des pôles, d'un membre régulier.e junior interne, d'un membre régulier.e sénior interne, deux membres réguliers.es externes, du représentant.e du vice-rectorat à la recherche et création et d'un représentant de la Faculté des sciences humaines.